Libertad de Cultos y Reforma Constitucional

El movimiento político del segundo período fue relativamente tranquilo. En 1865 se dictó una ley interpretativa de la Constitución referida a la religión católica, la exclusiva del Estado. La ley declaró que los no católicos podían ejercer su culto en recintos privados y sostener escuelas particulares para la educación de sus hijos de acuerdo a sus creencias.  Así quedó establecida la libertad de culto.

 Se logró la prohibición de reelegir al presidente de la república. En 1871 se estableció que para optar a un nuevo período constitucional para la presidencia de la república, sólo podría reelegírsele cuando hubiera transcurrido otro periodo; es decir,  cinco años después de su período. Fue esta la primera reforma tras 38 años desde su promulgación.

En 1867 había muerto el ministro Tocornal, dejando el campo libre a los liberales Federico Errázuriz Zañartu y Domingo Santa María, para disputarse la presidencia de  República. Los partidos de oposición presentaron como candidato a José Tomás Urmeneta. Triunfó Errázuriz, a quien Pérez entregó el poder el 18 de septiembre de 1871.