Límites con Argentina.
Tras la toma de posesión del estrecho de Magallanes, efectuado en 1843, se sucedieron problemas limítrofes que no pasaron de ser una disputa. Pero en 1878, se produjo el rompimiento de las relaciones y el conflicto armado pareció inminente. Las escuadras de Chile y Argentina recibieron orden de dirigirse al estrecho. Sin embargo no paso más allá de una amenaza. Además, no se entendía por que, si juntos habían hecho las campañas de la Independencia. Finalmente, se firmó en 1881 el tratado de límites que solucionaba las dificultades.
Chile quedaba en posesión del estrecho y la Argentina con la Patagonia oriental.
Crisis con Perú y Bolivia.
Sin duda, el acontecimiento de mayor importancia en la administración de Pinto fue el comienzo de la Guerra del Pacífico.
Le correspondió a Pinto asumir la responsabilidad de declarar la guerra, después de conocer el pacto secreto contra Chile, celebrado entre los gobiernos peruano y boliviano; lograr que Argentina se mantuviera al margen de este pacto y no entrara en la conjura contra el país; preparar las fuerzas armadas chilenas, que no lo estaban en absoluto; elegir los hombres adecuados para la dirección de la guerra y, en síntesis, asumir la dirección superior de la misma.
En 1866 se firmó un tratado de limites entre ambos países. Chile reconoció la soberanía boliviana de ese territorio y fijó su límite septentrional en el paralelo 24 de latitud Sur. Sin embargo, se acordó que las guaneras descubiertas o que se descubriesen entre los paralelos 23 y 25, junto con el monto de los derechos de exportación de mineral de esa misma zona, se repartirían entre ambos países.
Bolivia no cumplió el tratado de 1866. Chile no recibió un centavo de las aduanas de Mejillones y de Antofagasta. Además, se atacaba de distinta manera a los productores del guano y del salitre. Las protestas de Chile lograron nuevas negociaciones diplomáticas y en 1874, Chile permitió hacer una concesión.
Perú, por su parte, comenzó su preocupación por las salitreras de Tarapacá, las que, al igual que las de Antofagasta, eran explotadas por chilenos. Pensando que, si privaba a esos capitales, Chile pudiera generarle algún problema. Decidió, entonces, avenirse con Bolivia, y en 1873 firmó un tratado de alianza ofensiva y defensiva con dicho país, tratado que se mantuvo en el más estricto secreto. Inmediatamente, Perú promulgó una ley que acaparaba en manos del Estado las salitreras de Tarapacá.
A pesar de esto, el Gobierno de Chile no formuló protesta alguna basado en el hecho de que, siendo el Perú soberano de Tarapacá, podía dictar las leyes que más le conviniesen.
El 18 de septiembre de 1881 entregó el mando a su sucesor, Domingo Santa María